苗木城跡(ナエギジョウアト)は、岐阜県中津川市にある城跡。国指定史跡に指定されている。

木曽川右岸の城山に築かれていた苗木城。現在は、巨岩を巧みに取り込んで組まれた石垣を目にすることができる。頂上にある展望台からの眺めも見どころのひとつだ。

また、城跡入口付近には、苗木城に関わる資料を展示する苗木遠山史料館もある。