長崎歴史文化博物館(ナガサキレキシブンカハクブツカン/Nagasaki Museum of History and Culture)は、長崎県長崎市にある歴史文化博物館。2005年に開館。

「近世長崎の海外交流史」がテーマ。江戸幕府の鎖国政策中に西洋と貿易を行っていたり、朝鮮通信使を迎え入れていたりと、海外に開かれていた長崎ならではの、近世海外交流の歴史や文化を紹介している。常設展示では、朱印船貿易家の遺品や、出島に来航したオランダ船などの模型、異国情緒あふれる長崎の美術工芸品、シーボルトの手術道具などを展示するほか、長崎奉行所の一部を復元・公開している。

また、企画展も開催している。