シーボルト記念館(シーボルトキネンカン)は、フィリップ・フランツ・フォン・シーボルトの偉業を顕彰するために設置された、長崎市立の博物館。長崎県長崎市に位置する。
シーボルトは幕末に来日し、日本に最先端の西洋医学を伝えると同時に日本の自然や文化を西洋に紹介した人物。
常設展では、シーボルト来日当時の日本の状況、シーボルトの生い立ち、日本での医学教育や日本研究、シーボルト事件などを解説し、書状や著作物、シーボルトが使っていた道具類などとともに、シーボルトの生涯や功績を紹介している。
また、外観はオランダ・ライデン市のシーボルト旧宅を、玄関はシーボルトの祖父カール・カスパル宅をイメージしている。