荒涼たる辺境惑星エデン17に1台のロケットが降り立った。わけあって地球から逃亡してきたロミと恋人のジョージは、この星を2人の新天地にしようと誓うも、未開の惑星での生活は厳しく、ジョージは井戸掘り中の事故で命を落としてしまい、ロミは一人息子のカインとAIロボットとともに、孤独なサバイバル生活に送ることに。
ロミはカインのために自分の命を少しでも引き延ばすこと決意し、コールドスリープに入る。だが、機械の故障で1300年間も眠り続けることに。ようやく目覚めたロミは、新人類が築いた巨大な町・エデン17の女王となる。そんなある日、心優しい少年コムは、宮殿で悲しみに暮れる女王ロミと出会う。ロミの望郷の想いを知ったコムは、一緒に地球に行こうと、無謀な挑戦と知りながら、2人で広大な宇宙に飛び出していく。旅の途上で、地球人の宇宙飛行士・牧村や宇宙のよろず屋・ズダーバン、そして人智を超えた未知の生命体の数々との出会いを重ねながら、故郷の地球を目指す。
映画『火の鳥 エデンの花』は、“漫画の神様”と謳われる漫画家、手塚治虫の代表作『火の鳥』から、「望郷編」を原作にアニメ映画化した作品。「スタジオ4℃(STUDIO4℃)」が、製作期間7年をかけて、スケールの大きい映画に仕上げた。地球から遠く離れた辺境の惑星・エデン17に降り立った主人公ロミの人生と、愛と冒険の物語を描く。尚、エンディングの異なるもう1つの作品『火の鳥 エデンの宙』は、ディズニープラスにて配信される。