太平洋戦争終結後、日本へ進駐したGHQが最初に命じたのは「忍者」組織の解体だった。それにより全ての忍者は消滅したかに見えたが、彼らは世界中のあらゆる機関に潜伏し、現代でも暗躍していた。その数は約20万人と言われている。
忍者組織「NIN(ニン)」に所属する末端忍者・雲隠九郎は、身分の低い下忍。暇を持て余していた彼はある日、ある重大な“忍務”を言い渡される。それは戦後70年以上に渡り地下に潜り続けている組織「アンダーニンジャ」の動きを調べること。忍術、知略、最新テクノロジー、そのすべてを駆使した、かつてない戦いが今、始まる!
映画『アンダーニンジャ』は、現代の日本で暗躍する忍者の闘いを描いた、花沢健吾の同名漫画を実写化した作品だ。監督・脚本を務めるのは、福田雄一。忍者の主人公を山﨑賢人、忍者の闘いに巻き込まれるヒロインの高校生を浜辺美波が演じる。