宇宙に浮かぶスペース・コロニーで平穏に暮らしていた女子高生アマテ・ユズリハは、戦争難民の少女ニャアンと出会ったことで、非合法なモビルスーツ決闘競技「クランバトル」に巻き込まれる。エントリーネーム「マチュ」を名乗るアマテは、最新鋭モビルスーツの「ジークアクス(GQuuuuuuX)」を駆り、 苛烈なバトルの日々に身を投じていく。 同じ頃、 宇宙軍と警察の双方から追われていた正体不明のモビルスーツ「ガンダム」と、そのパイロットの少年シュウジが彼女の前に姿を現す。 そして、 世界は新たな時代を迎えようとしていた。
映画『機動戦士Gundam GQuuuuuuX -Beginning-』は、ガンダムシリーズのアニメーション映画。TVシリーズの放送に先駆け、一部話数を劇場上映用に再構築した作品だ。庵野秀明が代表を務め、「エヴァンゲリオン」シリーズなどを手掛けるスタジオカラーと、「ガンダム」シリーズを手掛けるサンライズが初めてタッグを組んでいる。『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』シリーズにて監督を務めた鶴巻和哉が監督を務め、シリーズ構成は榎戸洋司、メカニカルデザインは山下いくとが手掛ける。主題歌は米津玄師の「Plazma」。