1957年、イヴォン・シュイナードが創業。
「パタゴニア(Patagonia)」はアメリカのアウトドアブランド。アルピニズムを企業理念の中心として、クライミング、スキー、スノーボード、サーフィン、フライフィッシング、パドリング、そしてトレイルランニング
1957年にイヴォン・シュイナード(Yvon Chouinard)が、シュイナード・イクイップメント(パタゴニアの前身)を創業。ロッククライミング用具の製造と販売を行う。自宅の裏庭に作業場を作り、そこで作った用具を車で運び売りに行く。数年続けた後、次第にイヴォン・シュイナードの作る用具の需要が高まったため、1965年に航空技師のトム・フロストと一緒に仕事をすることにする。
1966年、ベンチュラに拠点を移す。
自分たちが製造・販売する用具が岩を破壊していることから、環境保護について考えるようになる。そして1972年にハンマーを使わずに手で使うチョックを発売。これが大ヒットする。
1973年、衣料品部門のブランドを「パタゴニア(Patagonia)」とする。パタゴニアとは南米の地名のことだが、はるか彼方の、地図には載ってないような遠隔地というイメージがあり、またどの国の言葉でも簡単に発音できる言葉であることから名づけられた。
1985年、パタゴニアが毛玉にならない両面起毛のシンチラ素材を開発。これが現在のフリースとなる。もともとカラーバリエーションが少なく、またダークトーンのものが多かったアウトドア製品だったが、パタゴニアは鮮やかな色彩を使い、コバルト、ティール、フレンチ・レッド、アロエ、シーフォーム、アイス・モカなど新たなカラーを世に送り出す。シンチラと鮮やかなカラーリング等で、パタゴニアはアウトドアウェアで人気となる。
1996年以降、コットン素材にはすべてオーガニック・コットンを使用している。97年、姉妹ブランドウォーターガールを設立。2005年に、パタゴニア製の下着を回収して新品にリサイクルする活動を開始。これ以降パタゴニアは、環境を配慮し、リサイクル素材の活用を積極的に行っている。