南海の孤島インファント島で発見された2人の小美人(ザ・ピーナッツ)は、ロリシカ国の悪徳ブローカー一味に拉致され、日本で見世物にされてしまう。新聞記者の福田(フランキー堺)、カメラマンの花村(香川京子)、言語学者の中条(小泉博)は、2 人を島に帰すようよう世論に訴えかけるが、その間にも小美人たちの危機を知った島の守護神モスラが海を渡って日本に上陸。都内を破壊し尽したモスラの幼虫は東京タワーに巨大な繭を作る。